在少年三国志的后期阶段，合理的武将组合是决定战斗胜负的关键因素。后期阵容需要兼顾输出、控制、防御和辅助能力，同时考虑武将之间的缘分加成、阵营协同以及战斗场景的适应性。不同阵营的武将组合各有优势，蜀国以高爆发和稳定控制见长，魏国擅长持久战和群体削弱，吴国则以灼烧流和速攻战术为主，群雄阵营则依赖高爆发和特殊技能联动。
蜀国后期组合通常以五虎将为核心，关羽、张飞、赵云、马超、黄忠的组合能激活强大的阵营加成和合体技能，大幅提升整体输出和生存能力。该阵容的优势在于高额单体爆发和群体控制，适合竞技场和副本挑战。若追求极限输出，可搭配诸葛亮提供法术增益或刘备增强续航能力，但需注意资源分配，避免核心武将培养不足。
魏国后期阵容侧重防御和持续作战能力，司马懿、荀彧、张辽、夏侯惇的组合能形成坚固的防线。司马懿提供群体控制和法术输出，荀彧负责治疗和增益，张辽负责切入敌方后排，夏侯惇则承担主要伤害吸收。该阵容的缺点是爆发力较弱，但通过稳定的控制和护盾机制，能在持久战中逐步压制对手，尤其适合跨服战和团队副本。
吴国后期组合以周瑜、太史慈、孙尚香为核心，依靠灼烧效果和超距离攻击快速消耗敌方血量。周瑜的真实伤害和群体灼烧是核心输出手段，太史慈提供高额物理伤害，孙尚香则负责收割残血目标。该阵容的优势是速战速决，但缺乏强控和护盾技能，需搭配大乔或小乔提升生存能力。在PVP中表现优异，但在高难度副本中可能因生存压力而受限。
群雄阵营的后期组合依赖吕布、貂蝉、左慈等武将的联动效果，吕布的高爆发和吸血能力使其成为核心输出，貂蝉提供控制和减益，左慈则增强团队生存和法术输出。该阵容的优点是爆发力极强且具备一定的续航能力，但培养成本较高，且依赖特定武将的星级和装备支持。在竞技场和世界BOSS战中表现突出，但需注意敌方控制技能的针对。
蜀国和魏国组合适合稳健型玩家，吴国和群雄组合则更适合追求极限输出的玩家。无论选择哪种组合，均需注重武将培养的平衡性，避免过度依赖单一核心而导致阵容短板。
