要前往口袋妖怪火红的三座岛屿，首先需要完成关都地区八个道馆的挑战并成为联盟冠军。通关后，大木博士会主动联系玩家，若已收集60种以上宝可梦，他会将图鉴升级为全国图鉴，这是解锁岛屿剧情的关键前提。随后前往枯叶市的码头，与船员对话并使用船票登上圣安奴号游轮。该游轮会定期往返于关都与七岛之间，首次航行默认停靠一之岛。
一之岛的主要任务是协助当地网络中心解决系统故障。在岛屿南部的温泉区与老奶奶对话获得温泉蛋，之后前往北部的火山洞穴获取红宝石。洞穴内需使用秘传机04怪力推动岩石开路，深处可遭遇火属性宝可梦如火焰鸟。将红宝石交给网络中心的研究员后，系统修复完成，同时解锁后续岛屿的航行权限。返回码头可自由选择前往二之岛或三之岛。
二之岛的核心区域是果实森林，需解决火箭队成员绑架事件。森林深处需使用居合斩清除挡路树木，解救被绑架的少女后获得奖励。三之岛则需通过水路冲浪抵达东南部的遗迹山谷，山谷内分布着需要解谜的机关，包括推石阵与闪光术照明区域。完成山谷探索后可解锁七岛全境的自由航行权限，包括四至七岛的隐藏区域。
若未完成一之岛的红宝石任务，则无法触发后续岛屿的航行选项。部分岛屿区域如诞生之岛需持有极光船票才能抵达，该船票通常通过特殊事件或NPC赠送获取。岛屿间的航行需反复利用圣安奴号，每次航行后需等待游戏内时间刷新才能再次登船。
岛屿探索的核心价值在于获取稀有宝可梦与强化道具。一之岛的火焰鸟、二之岛的树果种植区、三之岛的技能教学NPC均能显著提升队伍实力。建议在航行前确保队伍携带冲浪、怪力、闪光等秘传机技能，并预留足够背包空间以容纳岛屿特产道具。完成全部岛屿任务后，玩家可返回关都地区继续挑战二周目内容。
