舰队仓储系统在无尽的拉格朗日中是管理舰船的核心模块之一，但玩家无法直接进入仓储界面进行物理交互。该系统以功能菜单形式呈现，玩家可通过基地界面查看当前拥有的所有舰船，包括其属性、等级和类型。仓储界面的核心功能是分解冗余舰船获取资源，或通过精炼提升现有舰船性能。需仓储空间初期有限，需通过升级解锁更多容量，而升级资源需通过副本或任务获取。
舰队仓储的升级机制与游戏进度深度绑定。随着基地等级提升，玩家可逐步解锁更高级的仓储功能，例如舰船置换或强化。置换功能允许替换低效舰船，强化则能提升整体舰队战斗力。这些功能并非独立场景，而是集成在仓储管理界面中，通过选项按钮触发。仓储升级还涉及指挥值上限的提升，初始为300，九级基地后可扩展至400，直接影响舰队编组策略。
每艘舰船拥有独特的技能和定位，玩家需在仓储界面预先调整编组，例如将护卫舰设为前排吸收伤害，巡洋舰置于后排输出。这种编组逻辑直接影响战斗结果，但所有操作均在静态菜单中完成，无需进入动态场景。仓储界面还支持预制模块的装配，但需注意模块只能在基地船坞维修，无法通过舰队仓储直接修复战后损伤。
工程舰采集效率受仓储容量制约，初期建议混编AC721运输舰提升单次采集量。采矿平台建成后，仓储功能进一步扩展，允许矿车直接上交资源至平台，减少往返时间。这种设计优化了资源流，但采矿平台本身属于独立建筑，与舰队仓储界面无直接视觉关联。玩家需通过战略地图部署采集计划，而非在仓储界面操作。
其价值体现在舰船管理、资源转化及编组策略上，而非提供可探索的物理空间。玩家需通过基地建设、任务完成和科技研究逐步解锁其潜力，最终实现舰队效能的全面优化。
