基地被摧毁后，系统会立即启动自动故障保护机制，将玩家传送到全新地点重建基地。这一过程并非简单重置，而是需要面对资源短缺、防御薄弱、舰队重组等多重压力。重建初期需优先修复指挥中心与港口设施，确保基础功能运转，同时快速部署工程舰采集周边低级资源点，避免发展停滞。由于新建基地耐久值与防御火力大幅降低，需警惕敌对势力二次袭击的风险。
被摧毁的基地原有资源储备与生产设施全部清零，玩家需从零开始建设金属炼化工厂与晶体合成工厂。工业区解锁进度回退至初始状态，主力舰与护卫舰生产线需要重新研发，导致中期舰船补充能力受限。应优先升级居住区获取电子货币，通过贸易换取基础资源，并利用前哨站对接低级矿点建立临时供应链。
幸存舰船虽可撤回新基地，但维修消耗的资源可能超出初期承受能力。建议优先修复工程舰与侦察舰，放弃部分受损严重的战斗舰艇以节省维修成本。由于港口指挥值上限降低，需重新优化舰队编组，采用增援功能突破指挥限制，或混编运输舰提升采矿效率。注意避免在资源匮乏期进行大规模舰队战，转而采用游击战术保护关键矿区。
新建基地位置往往处于边缘星域，需通过星图重新规划探索路线，利用高速侦察舰标记安全航道。计划圈数量缩减至初始值，要求更精确地分配侦查与采矿任务。建议与活跃联盟建立庇护关系，通过协助完成集结任务换取保护，同时利用同盟共享视野快速定位高价值资源点。若原属联盟已瓦解，则需谨慎评估新联盟的战争活跃度，避免卷入大规模冲突。
基地等级回退导致高阶科技锁死，应转向性价比更高的中低级舰船研发。重点强化护卫舰与驱逐舰的模块装配，通过提升单舰质量弥补数量劣势。防御设施升级顺序调整为对空火力优先，应对敌方航母编队的压制。定期备份蓝图数据至前哨站，防止技术积累再次丢失。这种重建过程虽充满挑战，但也为战术体系革新提供了契机。
