特殊技能的学习与妖怪的属性和种类密切相关，并非所有妖怪都能掌握这些技能。飞翔技能（HM02）作为典型的特殊技能，通常只有飞行属性或与飞行密切相关的妖怪才能学会。例如比雕、大嘴雀等具有明显飞行特征的妖怪，但部分外观有翅膀的非飞行系妖怪可能无法学习，这取决于游戏对妖怪属性和技能可学习性的设定。冲浪技能（HM03）则主要限定于水系或部分特定种类的妖怪，如水箭龟、宝石海星等，这类技能不仅用于战斗，还能帮助玩家在水面移动探索新区域。
技能遗忘机制是调整妖怪技能组合的重要方式。玩家需前往特定地点如尼比市或浅红市的技能遗忘屋，支付费用后选择需要遗忘的技能。需部分高级或特殊技能无法通过遗忘屋直接删除，需借助技能删除器等道具。遗忘后腾出的技能槽位可通过战斗随机学习新技能，或使用技能学习器（如TM28挖洞、TM05闪光）定向学习。这种设计要求玩家在技能管理上需兼顾战术需求和探索功能。
隐藏宝石的获取与特殊技能存在间接关联。火红版中分布在火烈山山洞的红宝石、海底深处的蓝宝石等隐藏道具，虽不直接教授技能，但能解锁特殊操作或强化妖怪能力。例如某些宝石可提高妖怪的属性值，为后续学习高威力技能创造条件。探索这些区域常需先掌握冲浪、闪光等技能，形成技能与探索的闭环设计。玩家需在流程中合理规划技能分配，避免因功能缺失导致探索受阻。
特殊技能的战略价值体现在战斗与地图探索的双重维度。飞翔技能在战斗中能造成飞行系伤害，同时实现跨区域快速移动；冲浪兼具水系攻击与水上交通功能。这种设计迫使玩家在队伍搭配时需权衡属性克制与地图通行需求，例如同时携带能学习冲浪的水系妖怪和掌握飞翔的飞行系妖怪。部分剧情关键节点如七之岛、华蓝洞等区域的推进，更是直接依赖特定技能的解锁与应用。
